7月13日晚間，結算行南京銀行官網火速發布通告，南京南京對當日《河南村鎮銀行儲戶：追查錢款流向，銀行銀行發現南京銀行是人民結算行》的新聞進行了回應。南京銀行并未否認文中提出的分行“河南村鎮銀行結算行”這一事實，但明確指出，火速商業銀行代理村鎮銀行清算業務只作為資金清算通道，事件不承擔資金風險。不承
7月13日，擔資有媒體發文稱，金風禹州新民生村鎮銀行的結算行儲戶此前把多筆資金從招商銀行轉入禹州新民生村鎮銀行。在追查錢款的南京南京流向時發現，招商銀行的銀行銀行查復函，發給了南京銀行和禹州新民生村鎮銀行。人民招商銀行對其表示，分行南京銀行是禹州新民生銀行的結算銀行。
對此，南京銀行發布的通告指出，村鎮銀行的資金清算都是通過有清算資格的商業銀行代理的。
商業銀行代理村鎮銀行清算是根據《中國人民銀行關于改善農村地區支付服務環境的指導意見》和《支付結算業務代理辦法》規定依法合規開展，是一項常規的代理業務。在代理清算過程中，作為代理清算行的商業銀行，負責清算指令的接收和按指令收付資金工作，只與被代理行和人民銀行發生清算關系。
通告詳細解釋了商業銀行代理村鎮銀行清算業務的流程：比如，匯款人要將其在A銀行的資金轉給村鎮銀行，A銀行受理后，將該筆資金轉入A銀行在人民銀行開立的備付金賬戶，人民銀行根據A銀行的清算指令，將該筆資金轉入村鎮銀行的代理清算行在人民銀行開立的備付金賬戶，并通知代理清算行，代理清算行根據該指令，將該筆資金轉給村鎮銀行。在資金轉給村鎮銀行后，代理清算行的工作完成。
14日早間，據新華網消息，人民銀行南京銀行也對此事作出了回應。
中國人民銀行南京分行營業管理部相關負責人表示，中國現代化支付體系是我國重要的金融基礎設施，由中國人民銀行組建，各清算機構和金融機構參與，包括中國人民銀行組建運營的大額支付系統、小額支付系統、網上支付跨行清算系統、全國支票影像交換系統和境內外幣支付系統等，是我國金融市場的核心支持系統，為全社會經濟活動提供安全、穩定和便捷的支付清算服務。
根據人民銀行大額和小額支付系統業務處理辦法等規定，對不能直接加入支付系統的中小銀行機構，比如農村商行、村鎮銀行和外資銀行等，中國人民銀行批準其通過有資質的銀行機構作為直接參與者（比如，南京銀行）代理辦理資金清算業務。
南京銀行代理村鎮銀行資金清算業務是按照人民銀行支付系統的相關規定辦理的，有關資金清算服務合法合規，支付清算便捷、安全，運行穩定，與有關村鎮銀行案件沒有任何關聯。
目前，中國人民銀行支付清算體系運行穩定，安全高效，流動性充足，能夠很好地滿足經濟金融活動資金清算需要。
根據南京銀行和人民銀行南京分行的回應，這一事件中實際的操作流程應該是：客戶要將招商銀行的資金轉到村鎮銀行，招商銀行接到指令后，將該筆資金轉入其在人民銀行開立的備付金賬戶。人民銀行根據招商銀行的清算指令，將該筆資金轉入村鎮銀行的代理清算行，也就是南京銀行，在人民銀行開立的備付金賬戶，南京銀行根據該指令，將該筆資金轉給村鎮銀行。
可以看出，南京銀行在其中扮演的角色僅是出于合規需求的代理清算通道。
那么，為何要設立代理清算行這一角色，而不直接匯款轉賬呢？
一位專家向記者表示，人民銀行出于對清算體系穩定性和風險隔離的考慮，一直以來不允許村鎮銀行直接接入清算系統。“這不僅僅是針對這一家村鎮銀行，全國的1000多家村鎮銀行都是一樣的。”
他認為，南京銀行跟村鎮銀行事件并無關系。“南京銀行作為代理清算銀行起到了隔離風險的作用。作為代理行，它沒有任何權利介入資金的轉賬流程，只是接受指令而已。就好像我們自己轉賬，也是要把指令發給銀行，讓銀行來做最后的支付結算一樣。”
